La expresión Iluminación del Alma, se repite una y otra vez en las enseñanzas de la Fraternitas Rosae Crucis, una buena comprensión de su significado es esencial para comprender el alcance de la Gran Obra.
Todo se inicio hace muchos eones atrás cuando el ser carnal tomo el control de nuestro ser, en ese momento el Alma fue obligada a dejar el centro donde se había establecido originalmente al descender al cuerpo humano, y es solo desde ese centro desde donde ella puede contactarse con la divinidad con lo superior, es aquí donde se inicia la segunda parte de la Gran Obra, o la Obra mayor como fue conocida por los alquimistas, que consiste en atraer al Alma a este centro en el que alguna vez moro, para que lo reconstruya lo ilumine y se establezca en el para que nuestro ser angélico tome el sitio que le corresponde en el centro del ser.
Tal vez podamos comprender mejor esto si usamos un símil con el mundo material para ilustrar el exilio en que vivimos actualmente, imaginemos esta combinación de ser angelical y ser animal, como un reino que es gobernado por un rey Iniciado, como lo fueron en la antigüedad, es un rey justo y bondadoso que permite que el país y los súbditos, en este caso nuestro cuerpo, se desarrolle y progrese en paz, armonía y justicia, una suerte de rey Salomón. El rey seguía creciendo en sabiduría y poder en la medida que ejercía su reinado con justicia y hacia el bien; sin embargo como suele ocurrir no a todo el mundo le gustaba su gobierno, sabían sin embargo que mientras estuviera en su Centro, en su trono era invencible, invencible porque seguía la Ley Divina.
Un día entonces un doble agente, que se hacia pasar por su amigo se alió con sus enemigos (las pasiones carnales) y le recomendó que se acercara la pueblo para conocer sus costumbres, al rey esto le pareció muy justo y digno de si mismo.
Una vez que el rey estuvo lejos de su trono (Centro del Alma), y viviendo entre la gente común (sensible a las pasiones), los renegados tomaron el control de la situación e incluso intentaron asesinar al rey (cosa que no pueden lograr, salvo en muy contados casos), el rey fue expulsado y se encuentra errante, lejos de su trono, solo mantiene esporádicos contactos con sus súbditos (a través de la conciencia), cuando logra traspasar el control del dictador que gobierna actualmente el reino (cuerpo físico).
Ahora que las fuerzas renegadas tienen el control de la nación, la justicia casi no existe, los ciudadanos comunes llevan vidas de sufrimiento y desesperación, al principio fueron deslumbrados por los cantos de sirena, al darse cuenta de lo que ocurría trataron de ayudar al rey a retornar, aun no saben como hacerlo ya que los rebeldes (nuestras pasiones carnales) prometen mucho, pero solo son compensaciones de corto plazo que son seguidas por largos periodos de sufrimiento y dolor.
Para lograr que el rey vuelva a su trono lo primero que debemos hacer es convencerlo de que queremos su regreso, una de las mejores maneras de lograrlo es no seguir escuchando los cantos de sirena, a continuación deberemos trabajar para obtener un nuevo vestido para el rey, no puede volver a su trono vestido con harapos (las deudas karmicas), vestido de ese modo nadie reconocería su legitimo derecho a ocupar su Centro.
Una vez entonces, que le hemos convencido a través de nuestros anhelos y deseos que queremos su retorno, debemos eliminar su desacreditado vestido (a través de la transmutación) y reemplazarlo por uno nuevo (sustitución de nuestros antiguos pensamientos y deseos por nuevos mas exaltados), y finalmente ayudarle a reconstruir su trono (el asiento del Alma) usando los métodos enseñados por la Fraternitas Rosae Crucis. Una vez que el proceso ha sido completado, el Alma volverá a su trono y será coronada por el creador mismo.
Si bien la Iluminación del Alma es muy importante en la vida de un estudiante, esto no es un fin en si mismo, sino el desarrollo de una nueva visión, donde la Iluminación es el premio a un trabajo ya realizado, para un estudiante sincero la diversión esta en el trabajo.