odo lo que se ha dicho respecto al deseo y al esfuerzo asociado a el para la consecución de la Iluminación del Alma, no nos llevara al éxito completo sino trabajamos dedicadamente para cambiar las tendencias de nuestra naturaleza animal o terrena hacia lo superior, lo permanente lo divino dentro de nosotros.
La transmutación es entonces el método por el cual podemos modificar los pensamientos y deseos destructivos en nosotros en otros de naturaleza distinta que estén en armonía con los deseos de la parte angélica de nuestro ser.
Este proceso se basa en el principio que en su origen todas las cosas fueron buenas, y solo la perversión humana las ha transformado. La transmutación entonces no se trata de destruir, sino de modificar de sublimar cualquier entidad (pensamiento, sentimiento o acción) en una que sea del carácter de lo ordenado por Dios. Así pues, el odio puede convertirse en amor, el miedo en prudente valor, el resentimiento en compasión, la codicia en generosidad.
El proceso exacto por el cual se logra la transmutación se enseña detalladamente a los neófitos de la fraternitas Rosae Crucis, sin embargo podemos entregar alguna luz de los principios que subyacen en el método, el cerebro humano esta construido de tal forma que lo que pensamos y hacemos de manera permanente se graba en las células nerviosas, se crean verdaderos programas que definen lo que somos. Si conscientemente dejamos de pensar en algo y lo sustituimos por un pensamiento de naturaleza opuesta, la impresión nerviosa original se ira disipando hasta ser reemplazada por el nuevo programa, de esta manera cambiaremos nuestros pensamientos, el cambio en el patrón de nuestros pensamientos cambiara lo que sentimos y esto determinara el cambio de nuestras conductas.
La práctica de esta técnica requiere de voluntad y dedicación permanente, la práctica diaria en un requisito para un adecuado avance del neófito.